Η πρεμιέρα του Εθνικού Πρωταθλήματος δόθηκε στο Αλεξάνδρειο Μέλαθρο. Στις 7 Δεκεμβρίου 1968 ο Γιώργος Βουλκόπουλος υπέγραψε, ως αρχηγός του Ηρακλή το πρώτο φύλλο αγώνα Ο Ηρακλής, που μαζί με τον Άρη εκπροσώπησαν τη Θεσσαλονίκη στο πρώτο εθνικό πρωτάθλημα, είναι δύο από τους εννέα συνολικά συλλόγους της Θεσσαλονίκης που έχουν αγωνισθεί στην κορυφαία κατηγορία. Τα πρώτα δύο χρόνια ήταν τέταρτος και την περίοδο 1970-1971, έχοντας πια δημιουργήσει τη μεγάλη ομάδα με προπονητή τον Ξενοφώντα Καλογερόπουλο και «αιχμή του δόρατος» το Νίκο Αντωνιάδη, ανέβηκε στο δεύτερο σκαλί του βάθρου, πίσω από τον Παναθηναϊκό. Ο Αντωνιάδης ήταν το αστέρι σε μια ομάδα σπουδαίων αθλητών, όπως ο Αβραμίδης, ο Καρυπίδης ο Πασσαλής, ο Αλημάρας και ο Σακουέλος. Για επτά συνεχόμενα χρόνια ο Ηρακλής ήταν το καμάρι του Βορειοελλαδικού βόλεϊ και συναγωνιζόταν επί ίσοις όροις τον Ολυμπιακό και τον Παναθηναϊκό. Οι δύο μεγάλοι του λεκανοπεδίου, όμως, εκμεταλλευόταν το σύστημα διεξαγωγής του πρωταθλήματος και μοιραζόταν τους τίτλους: οι αθηναϊκές ομάδες έδιναν δύο αγώνες κάθε Σαββατοκύριακο που ερχόταν στη Θεσσαλονίκη και τις περισσότερες φορές ο Ηρακλής αντιμετώπιζε τους δύο «μεγάλους» μέσα στο ίδιο διήμερο. Ήταν φυσικό, λοιπόν, αυτός που έπαιζε με τους κυανόλευκους την Κυριακή, να τους βρίσκει κουρασμένους και να κερδίζει...

Για τον Ηρακλή η αντίστροφη μέτρηση άρχισε με τη μεταγραφή του Αντωνιάδη στη γαλλική Ρασίγκ Παρί. Το κενό του κορυφαίου βολλεϋμπωλίστα που ανέδειξε ποτέ η συμπρωτεύουσα, ήταν δύσκολο να αναπληρωθεί και, σε συνδυασμό με τον κορεσμό, η φθορά ήταν αναπόφευκτη. Ο τελευταίος –και νεότερος- από τη μεγάλη ομάδα που έπαιξε μέχρι πρόσφατα ήταν ο Γιάννης Νικολαϊδης, μέλος της «χρυσής» εθνικής του 1987.

Το 1982 ο Ηρακλής έχασε σε αγώνα μπαράζ από τον Δημόκριτο με 3-2 και υποβιβάστηκε στην Β Εθνική. Επανήλθε μετά από ένα χρόνο, αλλά δεν μπόρεσε να παίξει ξανά πρωταγωνιστικό ρόλο μέχρι το 1998. Την τριετία 1987-1989 και το 1992, πάντως, πέτυχε να κερδίσει την έξοδό του στην Ευρώπη, ενώ σταθμός στην ιστορία του ήταν η περίοδος 1995-96. Τότε, μετά από πρόσκληση της διοίκησής του, φιλοξενήθηκε στη Θεσσαλονίκη η εθνική ανδρών της Κούβας. Η παρουσία των Κουβανών αναβάθμισε τη Θεσσαλονίκη στον παγκόσμιο χάρτη του βόλεϊ, αλλά δεν κατάφερε να φέρει τα αναμενόμενα στον ίδιο τον Ηρακλή, που δεν μπόρεσε να βγει στην Ευρώπη.

Η νέα προσπάθεια τεσσάρων μεγάλων Ηρακλειδέων που ανέλαβαν τη διοίκηση το 1997, σε συνεργασία με το Γ.Σ. και ορισμένους χορηγούς έφερε άμεσα αποτελέσματα. Από το 1998 και έπειτα ο Ηρακλής αποτελεί τη μία από τις δύο διεκδικήτριες του πρωταθλήματος κατακτώντας τρεις φορές τη δεύτερη θέση και συμμετέχοντας δύο φορές στο Champions League. Μάλιστα στις 25 Μαρτίου 2000 στην Πάτρα και στις 9 Μαρτίου 2002 στη Θεσσαλονίκη κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδας κερδίζοντας 3-0 τον Ολυμπιακό και 3-1 τον Άρη αντίστοιχα. Η αποκορύφωση ήταν η κατάκτηση του πρωταθλήματος το 2002 μέσα στη Δραπετσώνα. Την ίδια χρονιά η ομάδα κατέκτησε την τρίτη θέση στο Champions League.